Sonic再次迎接来自大反派蛋头博士的挑战。正当Sonic全力想要挫败蛋头博士的计划时，却不幸被蛋头博士抓住。Sonic原本已经变化成 Super Sonic,但是被蛋头博士的机器吸收了他体内混沌翡翠的力量，而蛋头博士则利用这些能量发动了毁灭地球的机器，将地球炸成了七块，不过尽管如此，地球上 的环境也暂时没有遭到破坏。Sonic亲眼目睹此情景，愤怒难耐，在强大激光的刺激下释放了长期以来禁锢在自己体内的野性，变成了狼人刺猬Sonic the Werehog。
狼人刺猬顺利逃脱了蛋头博士的基地，他现在必须收集七颗混沌翡翠，把它们放到破碎的世界的七大神庙中，才能重新将世 界复原。而由于激光和翡翠能量被消除以后的副作用，Sonic到了晚上就不得不变成狼人，但是在白天他可以依然保持原来的样子。在复原世界的同时， Sonic也必须找到复原自己的办法。
游戏模式及特色
本作最大的特色就是每个大关卡都分为白天和夜晚两大部分，分别由普通的 Sonic和变化成狼人的Sonic进行。在白天，Sonic依旧用自己招牌式的速度来进行游戏。得力于新的物理引擎Hedgehog Engine，在关卡中Sonic奔跑的速度可以达到时速300公里的同时保持30帧每秒的画面速率。同时，从另一款Sonic游戏Sonic Rush中引入的加速系统也带来了强劲的速度感。为了摆脱过去一直遭人诟病的摄像机视角问题，这次制作小组采用了3D+2D视角的转换。具体说来，游戏的 固定部分将以3D第三人称追尾视角的方式呈现，而在另一些地方则使用了2D的横版卷轴模式，与16位游戏机**的Sonic电视游戏一样。这两种视角模式 将在固定的节点实现无缝转换，以保证游戏的流畅度。
