在正在重建的リンドブルム城里，シド大公亲自指挥大家工作，整个重建工程进行的非常顺利......主角醒来后发现自己躺在リンドブルム城的宿屋里，但ダガ-和エ-コ不知去了哪里。打开附近的宝箱可以到一些防具，当主角看见盗贼团的ブランク时，第一件事就问ダガ-在哪里（这里也可以选第二项，“我怎么会在这里”），当得知ダガ-在了望塔时，头也不回的奔向了望塔。在了望搭主角突然不知道该说什么，只是安慰了ダガ-一下。接着去会见シド大公，在会客室众人看到主角平安无事都松了口气。见到シド大公后，エ-コ问主角怎么没看到ダガ-？主角告诉她ダガ-在了望塔，于是エ-コ急忙赶去。后发生A.T.E。
众人在谈论最近被袭击的城市的时，认为一定和クジャ有关系，之后发生A.T.E。エ-コ回到会议室后，会议暂时结束，接着主角去宿屋找ダガ-。众人在宿屋找到ダガ-，安慰她别再为最近发生的事伤心了。如果要找クジャ，需要有飞空艇的帮助，所以需要シド大公的帮助，但シド大公现在被变成ブリ虫的样子无法帮助大家，如果要变回原形需要找3种药材调配成药品，于是主角出发寻找这3种药材。在城里仔细调查可以得到很多珍贵的道具，比如“星宫的道具等”（宝箱位置和リンドブルム被摧毁前一样。）一定要拿到。在城里可以打听到有关药材的情报。在剧场街从盗贼团的“シナ”手中获得第1种药材；接着在商业区从“アリス”手中得到第2种药材；最后经过多人提供的线索返回剧场街在车站右下方的小屋里仔细探索后得到第3种药材。之后回到王城，但这3种药材调配成的药品不但并没有把シド大公变回原形，反而让シド大公变成青蛙的样子（有种不详的预感......）。
第二天召开作战会议时决定用从“アレクサンドリア”脱出时的那艘船先去找クジャ的线索，于是ビビ建议大家先去“黑魔导士の村”，众人整备完后乘电梯来到最下层，向水龙の门方向出发，之后众人来到船上。这时发现クイナ也在船上，之后シド大公也赶到与大家同行，クイナ眼也不眨的看着シド大公......
到达“黑魔导士の村”后发现村里没人，于是ビビ离开队伍去调查情况，当来到村子深处时，看到ビビ和黑魔导师228号在一起。原来村里其他的魔导师全被クジャ带走了，只留下他和路行鸟，于是ビビ来到之前放路行鸟卵的屋子门口，这时主角也赶到，原来那个路行鸟卵已经孵化出小路行鸟了。在ビビ与黑魔导师228号的对话中得知在这块大陆的东侧藏有一个クジャ的住所。
坐船来到东部大陆后,一直向北走，当走到有四个沙漠旋涡的地方，每个都调查一遍，这样就可以进入クジャ的住所。没想到这是クジャ设置的陷阱，他早就知道主角会来......主角醒来后发现自己和シド大公被关在一个陌生的房间里，主角问其他人的下落时シド大公告诉主角其他人应该很安全。这时传来クジャ的声音：“我们又见面了...”主角说：“你这混蛋！把其他人关在哪里了？”クジャ告诉主角他的同伴被关在和他同样的房间......并且还拿他们的性命威胁主角和自己合作。为了保护同伴，主角只好暂时答应了クジャ的要求，于是主角和シド大公被放了出来，出来后主角看到周围有许多类似的房间，可以肯定ダガ-她们也被关在里面。主角让シド大公留在监狱门口，自己一个人来到クジャ面前。クジャ拿众人的性命要挟主角去一个地方。那个地方名叫“ウイユヴェ-ル”，并让主角去那里带一块叫“グルグスト-ン”的魔石回来，并且允许主角带3个帮手一起去（在这里最好选择3个攻击力较高的角色）。为同伴的性命着想，只好答应，之后主角4人被传送到飞空艇附近，主角发现这艘飞空艇就是シド大公开发的新型飞空艇试作1号机，接着4人乘坐飞空艇向“ウイユヴェ-ル”飞去。
下飞空艇后一直向南走，可以到达目的地“グルグスト-ン”，进村后可以先向MOG购买武器，并SAVE一下。之后进入“グルグスト-ン”内部，在这里先走上方，打开一个白色机，需要注意的是，之后我方所有魔法将无法使用。接着返回大厅往左走看到一个奇怪的机关，主角走近后机关打开，上面记载了一些文字，好象只有主角可以看懂上面的文字。之后从这里向下走，这里有4个机关需要按照一定顺序才能打开：先打开二楼左侧的机关，然后打开右侧的机关，再打开楼下右侧的机关，最后打开左侧的机关。回到刚才出现文字的房间，在这里正上放的门目前无法进入，于是走右上方的门，进入后一直往前走来到一个奇怪机器面前，通过它了解到一些クジャ他们种族的一些情报，这个种族以前有着高度的文明，但发展到顶端逐渐走向了衰败......而攻击亚历山大的那艘巨大战舰就是这个种族制造的“インビンシブル”飞船的改良型。最后再次回到出现文字的房间走正上方的门。进入后，在这里得到有关这个种族更多的情报：他们的文明发展到最顶峰时，接着的就是衰败，这是世间万物发展的真理，他们也想过许多办法，但没有成功，最后决定让自己暂时沉睡，等待这个世界重新恢复文明......ダガ-对主角能看懂那些奇怪的文字感到很奇怪，但主角也不知道为什么。回到大厅向右走，乘坐圆盘来到最下部，在这里看到クジャ提到的那块魔石“グルグスト-ン”，接下来BOSS战，可从BOSS身上偷到“エリクサ-”、“力だすき”、“ホ-リ-ランス（フライヤ专用武器，一定要偷到。）”，胜利后得到クジャ要的魔石“グルグスト-ン”。
画面转到关押主角同伴的牢房里，クジャ说：“如果在沙钟漏完之前，主角没有回来你们就死定了，哈哈哈哈......”接下来シド大公去偷钥匙，这里有一个迷你游戏，要点是在怪物回头前按圆圈键前进，最后得到钥，然后在选择砝码时选第四项，之后，众人从牢房里脱出。脱出后可以先去刚才シド大公偷钥匙的那个房间SAVE，然后往左走进入クジャ住所的内部，调查两边的雕像可得到一个道具(以后还有类似的机关)，之后继续前进。这个迷宫的要点就是用火打开机关，打开特定的机关后会有新的路出现。当众人来到有左右两个平台的地方时，需要按照左侧墙壁的提示：正义的影子追赶邪恶的影子，于是在右侧平台把右侧的蜡烛点亮，然后去左侧平台把右侧的蜡烛点亮，这样会出现通路，上去后会发生BOSS战，所以最好先回去SAVE一下。胜利后打开最后的机关乘传送装置脱出。
