这时主角们带着クジャ要的魔石“グルグスト-ン”回来换人，从传送点回クジャ的房间后发现没人，这时传来クジャ的声音，让主角一人带着魔石来见他。就在这时，已经脱出的同伴来到这里阻止主角，但是最后赶到的エ-コ被ゾ-ン和ソ-ン抓住。クジャ在众人慌乱时夺走了“グルグスト-ン”，之后用传送魔法逃走。于是主角急忙向飞空艇方向出发，但还是晚了一步。于是众人只好坐船追赶クジャ......途中シド大公了分析为什么クジャ要抓エ-コ，很有可能是为了要得到召唤兽的力量，而且下一个目标很可能就是ダガ-......坐船到达地图西北方的“忘却的大陆”后，往西走来到“エスト·ガザ”在这里从司祭口中得知エ-コ和那些黑魔导师往“グルグ火山”方向去了。主角在这里先整备一下，之后从村子上方的路一直右行来到“グルグ火山”（题外话：这里值得一提的是，本地的BGM（背景音乐）就是FF1中“巨人山洞”的背景音乐，令作者十分感动！），在这里可以先四处转转仔细调查可以得到一些道具和下面井口左侧的机关开动顺序的提示。
从上面的井口处顺着绳子来到下层，出现岔路。先左侧的路，到达尽头后遇上一只怪鸟，击败后回到岔路口再走右侧的路，后又遇到刚才的怪鸟，击败后再次回到岔路后处启动井口旁边的机关。根据刚才搜集到的情报，连续选3次第二项（向下摇把手），顺着绳子来到最下部，这次又遇上了之前的那只怪鸟。将它干掉后继续前进看到ゾ-ン和ソ-ン把エ-コ放在抽取召唤兽的魔法阵中，于是主角急忙赶去营救。这时ゾ-ン和ソ-ン又一次抽取召唤兽失败......但他们不知道为什么会这样。当ゾ-ン和ソ-ン再次准备从エ-コ身上抽取召唤兽时，藏在エ-コ身上的MOG出来保护エ-コ，原来因为MOG有保护，所以ゾ-ン和ソ-ン才无法从エ-コ身上抽取召唤兽，之后与ゾ-ン和ソ-ン发生战斗，MOG化为召唤兽击败了ゾ-ン和ソ-ン，后得到召唤兽的道具“リボン(这个召唤兽很强，应尽快修炼)”。之后クジャ出现，主角质问他真正的目的到底是什么？クジャ轻蔑的说：你们没有必要知道......以你们现在的实力根本没有资格和我斗，这对双胞胎兄弟就足够了，哈哈哈....”说完后离开了这里。这时ビビ冒失的追过去想要问在黑魔导士之村的那些黑魔导士现在的下落。主角刚要制止，ゾ-ン和ソ-ン站起来并合体成一个强大的怪物，之后BOSS战。可从BOSS身上偷到：“ワクチン”、“金の髮飾”、“魔人の胸当”。胜利后ビビ回来说其他黑魔导师被クジャ带走了......这时有一位女性询问クジャ去哪里了，当得知クジャ已经逃走后十分感谢主角，这时这位女性认出了ダガ-，说以前见过面。这时シド大公赶来，认出了她就是自己失散很久的妻子ヒルダ。
众人返回リンドブルム城后，ヒルダ向シド大公讲了有关クジャ的的事，クジャ为了夺取飞空艇而诱拐了自己......之后ヒルダ把シド大公变回了人形。夫妻团聚后シド决定尽快完成新型的飞空艇3号机...
第2天早上，主角被卫兵叫醒并抱怨卫兵吵醒了自己的好梦，后得知ヒルダ在会议室要召见自己，于是前往会议室...来到会议室看到シド大公变回人形后感到十分惊讶，这时スタイナ-发现ダガ-不在，于是一个人去城里找ダガ-。之后ヒルダ向大家介绍了クジャ的事情，说自己和クジャ并不是这个世界的人，是住在名叫“ガイア”的世界，クジャ把自己出生的地方叫“テラ”......之后发生A.T.E。ヒルダ接着说：“テラ”在这个世界叫做“輝く島”，但是只是到达“輝く島”的话是去不了“テラ”的，在两个世界交接的地方被封印着，如果能打开封印，就可以到达クジャ居住的那个世界。这时主角问那个封印点在哪里？ヒルダ告诉大家在地图西北“忘却的大陆”上有一座“イプセンの古城”......之后发生A.T.E。于是众人决定前往“イプセンの古城”...这时サラマンダ-说：“以我们现在的实力，根本无法和クジャ抗衡啊”，ビビ说：“但是我们绝对不能放过クジャ那个坏蛋！”......主角说，但是我们如何到达“イプセンの古城”呢？目前没有飞空艇可以使用，只能等新型3号机完成了...在众人讨论如何去“イプセンの古城”时，スタイナ-回来焦急的对主角说在城里没有找到ダガ-，于是主角说等我一会儿，之后一人去找ダガ-......
来到アレクサンドリア城，主角遇到了盗贼团长和ベアトリクス。ベアトリクス告诉主角，如果ダガ-来到アレクサンドリア城一定会去一个地方......并交把一颗以ダガ-命名的宝石交给主角，之后主角在ブラネ的墓前找到了ダガ-，主角上气不接下气的说“ダガ-，总算找到你了！”这时ダガ-回头深情的叫着主角的名字，使主角稍微有点不知所从。ダガ-说自从ブラネ去世后，作为这个国家的女王没有进到保护国家的义务，已经没有资格再保护这个国家了。之后主角安慰了ダガ-，并把宝石交给她（得到巴哈姆特召唤兽），使她重新振作起来......这时ダガ-拿过主角的匕首，用诡异的表情对主角说：“今天我决定了一件事呢！”这句话搞的主角有点摸不着头脑......（女孩的心思还真是难懂...）之后ダガ-来到港口，用主角的匕首把自己的长发割成两截，飘在在空中的断发轻轻的飞舞着...短发的ダガ-显得更加美丽，主角在那里痴痴的看着ダガ-......（DISK3前半完）
DISK3后半
（接DISK3前半）
众人乘上新型飞空艇向“イプセンの古城”飞去。在飞空艇上，当众人看到短发的ダガ-后非常吃惊，聊了半天ダガ-短发的事......（进入飞空艇内部有一个们需要钥匙打开，暂时无法打开）在地图左上被众山环绕的地方找到“イプセンの古城”。其实在进入前可以先在世界各地转转，比如去地图西南大陆的“ダゲレオ”，在这里可以买到强力武器，合成强力道具（有携带究级白魔法和黑魔法的道具），得到一个“星宫的道具”。或者去リンドブルム，在拍卖场买到“盗贼的护腕”（作用是偷到更好的道具）......
进入“イプセンの古城”后，サラマンダ-表示自己先进去看看情况，这时有2个选项。一个是让他去另一个是不让。选择第一项，于是サラマンダ-先进入，之后主角们也相继进入。进入后在右侧石柱后发现“星宫的道具”。（注：在吊灯上的宝箱需要从SAVE点右上方隐藏的陷阱落下后得到，作用是让圣属性的攻击威力提升）在经过许多梯子后来到封印地点，这时サラマンダ-提前到达，说完话后离开，主角先不要拿墙上的镜子，先出门调查墙下方墙壁，之后从隐藏门处返回SAVE一下，之后再回到封印点。当众人把墙上的几个镜子拿走后发生BOSS战，可以从BOSS身上偷到“エリクサ-”、“ミスリルクロ-（サラマンダ-的武器威力一般）”、“オリハルコン（主角的武器，威力极大一定要偷到！）”。胜利后返回刚进入“イプセンの古城”的地方，走中间的门经过走廊和升降机来到一间有巨大宝剑的房间。在这里，玩家需要把里面的罐子放在左上和右上的台子上，之后（可得到一个道具，让暗属性的攻击威力提升）。
