主角3人从“イプセンの古城”出来后，问其他同伴サラマンダ-去了哪里？可是他们没看到サラマンダ-从里面出来，于是主角一个人返回城里去找サラマンダ-。见到サラマンダ-后两人交谈了几句，之后一起回到外面和同伴会合。在这里总结了在“イプセンの古城”得到的情报：在古城最上部房间里的世界地图，每个地方都一块镜子相对应。第一面镜子在地图右上角表示，注解写到“我的力量是靠震动的大地守护着”、第二面镜子在地图下方偏左的位置表示：注解写到“我的力量是靠强大的风守护着”、第三面镜子在地图左上大陆表示：注解写到“我的力量是靠炎热的岩浆守护着”、最后一面镜子在地图作侧表示：注解写到“我的力量是靠大地环绕着的水底守护着”。还有那个BOSS临死前说的“一个（次）既是全部，全部既是一个（次）”。
众人返回飞空艇后，按照“イプセンの古城”里的提示开始出发解开各个封印。首先来到“イプセンの古城”南边的“水の祠”在这里解开封印的任务交给エ-コ和ダガ-；之后前往地图左上的“火の祠”在这里解开封印的任务交给サラマンダ-和フライヤ；再前往地图下方偏左的“风の祠”这里交给スタイナ-和ビビ；最后去地图右上的“地の祠”这里主角和クイナ一起行动。经过一系列的陷阱来到最深部，放置好解开封印用的镜子后，出现守护封印的怪物.......之后BOSS战，可以从BOSS身上偷到“ラバ-コンシャス（女性用防具）”、“アベンジャ-（サラマンダ-用武器，威力很大，一定要偷到）”
解除4个封印后，众人来到地图西北的冰山附近，进入“輝く島”。由于封印被解开，主角等人被送到ヒルダ提到的“テラ”。在这里遇到了之前在摧毁召唤兽“亚历山大”时飞船上的那位神秘老人，主角上来就出言不逊，那位老人显然很不高兴和主角谈了几句后就用转移魔法离开了。之后主角向“テラ”深处走去......，半路上遇到一位奇怪的女孩，当女孩看到主角后急忙离开，于是大家好奇的跟着那个女孩。当走到通路尽头，继续向下走又看到那个女孩，于是众人上前搭话，迷之女孩说，看来你们什么也不知道呢！但跟我走就会明白了......于是众人跟着那个女孩来到一个奇怪的场所，那里的一切好象都是人工制造的......这时ダガ-看到天上的战舰后好象回忆起了什么，突然晕了过去......
背静传来女孩的声音：你什么也不知道......为什么而生......为什么而存在............你什么也不知道......
主角顺着刚才那位迷之女孩走的路来到这里的村子，在村里主角看到所有人都和自己一样：黄色头发而且还长的尾巴。找到宿屋后把ダガ-安顿好，这时エ-コ为了让ダガ-醒过来，在村里到处询问哪里有药店，这时遇上了刚才那位迷之少女。迷之少女告诉エ-コ一会儿她会在研究所等主角，说完后一个人向研究所走去...这时在宿屋里的ダガ-醒过来并对大家说：我想起来了，在现时世界被袭击的城市和村庄都是由刚才那艘战舰造成的，而那巨大的眼睛就是那艘战舰的武器，巴哈姆特和亚历山大就是用它破坏控制和破坏的！......这时エ-コ回来告诉众人那个迷之少女在研究所等大家，在这里可以先去村子右方的房间SAVE一下。
来到研究所后，见到这里有一些培养容器，一些和自己一样的人躺在容器里接受科学者的测试。和那位迷之少女交谈后得知这里的人是一个名叫“ジェノム”的种族，出生时没有意识，需要人工输入智慧，不同的人所具有的“器”也不同，“器”容量的高低衡量着他们的优劣。但主角不同，他受到这个民族的管理者“カ-ランド”的特别照顾，出生后就具有自己的意志，说完后迷之少女向上层走去，主角追上后她接着说：“カ-ランド”是这个星球的管理者，他的使命就是让“テラ”人民复活，但和“ジェノム”不同，他们没有器的概念，就像你我一样，真正的“テラ”人民沉睡了很久，为了重新统治这个世界他们通过这些“ジェノム”把自己的意志装在“器”中，以达到复活的目的......这时ダガ-醒过来并拜托エ-コ把主角找来。之后发生几段A.T.E。
主角为了要弄清自己的身世决定去会见カ-ランド，到达カ-ランド的房间见到之前的那个神秘老人。原来他就是カ-ランド。从谈话中得知自己和另外一个人都得到最优秀“テラ”人民的意识，但那个人的野心很大，曾经想连カ-ランド也废弃，他破坏了“テラ”人民复活的正常循环。这时，主角问那人到底是谁，カ-ランド说，那个人和你一样，而且可以说是你的兄弟，我想你们已经见过面了，他就是クジャ。主角惊讶的说：“什么，他也是通过ジェノム...但是他没有尾巴呀！”カ-ランド解释到：クジャ为了否定自己是ジェノム族，把尾巴藏了起来。起初让你们复活是为了平息“ガイア”的战乱，没想到在转换灵魂时出现了问题，クジャ比你先苏醒，而且充满了野心，也因此不能允许你的存在......之后，他就把你丢弃在另一个世界，也就是你一直生活的那个世界......两人交谈了很久，最后主角认为自己是什么并不重要，重要的是能与朋友和心爱的人在一起......スタイナ-、ビビ、エ-コ、クイナ、フライヤ、サラマンダ-，还有ダガ-。所以我要打败你，返回我的世界，这时カ-ランド说：“看来这个容器需要更换新的意识了......”说完后主角无力的瘫在地上......
这时クジャ也来到“テラ”，准备消灭カ-ランド和主角...クジャ发狂的说：“ガイア的人民、テラ的人民，我要告诉你们谁才是真正的王！哈哈哈.....”
这时在主角的意识里：
主角：“我...到底是谁”
主角：“我什么也不知道......”
主角：“我无法解释......”
这时，在主角的意识里出现了他的伙伴们......
エ-コ：“快醒醒！”
主角：“是谁？...谁在呼唤我......”
エ-コ：“请快醒醒！”
“......”
主角醒来后看到ビビ和エ-コ说自己没事，之后无力的走出门。一路上遇到一些怪兽，在战斗中会有伙伴来帮忙，最后在主角不支的时候，ダガ-赶到帮主角治疗。胜利后主角对ダガ-说：“把你们也卷入，真是抱歉”ダガ-稍微有点生气的对主角说：“什么话，我们不是伙伴吗！以前我们经历了那么多危险都一直相互信任，那时你一直在保护我们啊...”。这时其它伙伴也赶来鼓励主角，众人的话让主角重新鼓起了勇气。
