《影之传说 2》承袭 22 年前所推出的初代作设定，以江户时代初期为背景，并加入新的玩家角色，故事分为“影篇”与“千寻篇”，玩家可选择扮演武艺高超的伊贺忍者 影 或具备强大灵力的伊贺女忍者 千寻，为了救回被邪恶军团所掳走的大巫女 雾姬 而战。
“影篇”的主角影是伊贺忍者首领 服部半藏 之徒，个性坚毅正直，使用忍者刀与忍者镖战斗。故事叙述 德川家康 得知有名具备足以灭国之强大灵力的巫女雾姬，于是招聘她到江户城，途中雾姬却被具备觊觎她灵力的野心家 雪草妖四郎 的忍者手下 雪乃介 掳走。
担任雾姬护卫的影，虽然努力想要保护雾姬，仍不敌敌方压倒性的力量而丧失性命，不过在封印有灵力的勾玉之力的帮助下，影又再度复活，并获得了超人般的强大能力。德川家康在得知雾姬被雪草妖四郎掳走后，于是命令服部半藏夺回雾姬...
“千寻篇”的主角千寻是雾姬之妹，从小寄养在伊贺忍者村中，同样具备强大的灵力，个性活泼好胜，使用长柄锁链镰刀战斗。故事叙述千寻在得知姊姊被雪草妖四郎掳走时，因情绪激动而解放了体内隐藏的灵力，获得了超人般的强大力量。实力足以与妖四郎邪恶军团对抗的千寻，为了救出姊姊，于是只身前往了雪草妖四郎所在的“夜美城”...
游戏同样采用横向卷轴动作过关方式进行，画面提升为新一代掌机平台水准，并利用双萤幕来呈现更宽阔的关卡视野，头目对战等特殊事件时还会穿插人物特写对话场面。
游戏系统大幅强化，采从原本的失误即死制改为生命值制；攻击方式除了一般的刀剑与飞镖等远近攻击外，并加入以特殊指令来施展的强力“必杀技”；新增“忍术”系统，可使用关卡中所收集的“元素之玉”来组合并施展各式各样的华丽忍术。
